Kanser tanı ve tedavi planlamasında gen füzyonlarının tespiti son yıllarda büyük önem kazanmıştır. Gen füzyonları, genomda meydana gelen yapısal yeniden düzenlemeler sonucu ortaya çıkarak, tümör büyümesi ve hayatta kalmasını teşvik eden anormal proteinlerin oluşmasına yol açabilir. Bu nedenle, gen füzyonlarının doğru ve zamanında belirlenmesi, kişiselleştirilmiş onkoloji uygulamaları için kritik bir gerekliliktir. Ancak mevcut tespit yöntemleri, duyarlılık, özgüllük veya farklı kanser türlerine uygulanabilirlik açısından çeşitli sınırlamalarla karşılaşmaktadır. Bu önemli ihtiyaca cevap olarak, BMC Cancer’da yayımlanan yeni bir çalışma, klinik kanser örneklerinde gen füzyonlarının kapsamlı ve güvenilir şekilde tespit edilmesini sağlayan yenilikçi bir tüm transkriptom dizileme (WTS) testi geliştirmiştir.
Zhao ve ekibinin geliştirdiği bu yenilikçi WTS testi, gen füzyonlarının yanı sıra MET ekzon 14 atlaması ve EGFR VIII mutasyonları gibi kritik RNA değişikliklerini de yakalayabilen yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip bir platform sunmaktadır. Hedefe yönelik paneller yerine tüm transkriptomun dizilenmesi sayesinde, bu test tüm RNA transkriptlerini inceleyerek, bilinen ve yeni gen füzyonlarını tarafsız bir şekilde keşfetmeye olanak tanır. Klinik doktorlar ve araştırmacılar için tümör tanısı, prognozu ve hedefe yönelik tedavi seçenekleri açısından önemli bilgiler sunan bu kapsamlı yaklaşım, moleküler onkoloji alanında devrim niteliğindedir.
Transkriptom analizlerinde ciddi bir engel olarak RNA kalitesi ön plana çıkmaktadır. RNA’nın bozulması dizileme sonuçlarını ve füzyon tespitini olumsuz yönde etkileyebilir. Bu sorunun üstesinden gelmek için araştırma ekibi, RNA fragmanlarının 200 nükleotidden uzun olan yüzdesini gösteren DV200 isimli kalite parametresini belirlemiş ve test için minimum DV200 değeri olarak %30 eşik seviyesini tanımlamıştır. Bu pratik kesim noktası, klinik laboratuvarların örnek uygunluğunu değerlendirmesine ve assay performansını artırmasına yardımcı olarak, RNA dizilemesindeki önemli teknik engelleri aşmaktadır.
Assayin optimizasyonunda, kullanılan RNA miktarı ve dizileme derinliği önemli rol oynamıştır. Araştırmacılar, en az 100 ng RNA girişi ve örnek başına minimum 80 milyon doğru eşlenen okuma sayısının duyarlılığı en üst düzeye çıkardığını ortaya koymuştur. Ayrıca, füzyon transkriptlerinin güvenli şekilde belirlenmesi için RNA giriş başına 40 kopya üzerinde ifade eşiği tanımlanmıştır. Bu performans kriterleri, tespit oranlarını artırmakla kalmayıp rutin klinik uygulama için standartlaştırılmış çalışma protokollerine de zemin hazırlamaktadır.
Testin doğrulama aşamasında gösterilen klinik kullanım faydası oldukça etkileyicidir. Daha önce karakterize edilmiş 63 gen füzyon pozitif örnekten 62’si doğru tespit edilerek %98,4 gibi yüksek bir duyarlılık sağlanmıştır. Benzer şekilde, 21 füzyon negatif kontrol örneğinde yanlış pozitif hiçbir sonuç bildirilmemesi %100 özgüllüğü göstermektedir. Bu yüksek duyarlılık ve özgüllük birleşimi, hem yanlış pozitif hem yanlış negatif sonuçların minimize edilmesinde son derece önemli olan bu assayin, hassas onkoloji için güvenilir bir tanı aracı olduğunun altını çizmektedir.
Klinik ortamda tutarlılık önemli olduğundan, testin tekrarlanabilirliği ve yinelenebilirliği de titizlikle değerlendirilmiştir. Bu kapsamda birden fazla örnekte üst üste testler yapılmış ve mükemmel tutarlılık gözlemlenmiştir. Bununla birlikte, TPM3::NTRK1 füzyonu gibi ultra düşük düzeyde ekspresyon gösteren bazı füzyonlarda ifade eşiğinin altında kalınması, çok düşük seviyedeki füzyonların tespitinde halen zorlukların bulunduğunu ortaya koymuştur. Buna rağmen, testin geniş bir yelpazede füzyon tespiti için güvenle uygulanabileceği değerlendirilmiştir.
Çalışmanın en dikkat çekici yönlerinden biri, WTS testinin gerçek klinik örneklerde – özellikle küçük hücre dışı akciğer kanserli (NSCLC) hastalarından alınan örneklerde – uygulanmasıdır. Burada tespit edilen füzyonların %68,9’unun potansiyel olarak hedeflenebilir olması, testin hedefe yönelik tedavi kararlarının verilmesindeki yüksek katkısını göstermektedir. Buna karşılık, tüm kanser tiplerini içeren geniş bir kohortta sadece %20 oranında hedeflenebilir füzyon saptanması, WTS testinin farklı kanserlerdeki hasta ayrımında sağladığı değerini ortaya koymaktadır.
Hedeflenebilir füzyonların ötesinde, test farklı tümör türlerinde tanı ve prognozu etkileyebilecek birçok gene füzyonunu da ortaya çıkarmıştır. Bu, onkoloji alanında füzyonların yelpazesinin daha iyi anlaşılmasını sağlamış ve yeni biyobelirteçlerin keşfi için fırsatlar yaratmıştır. Tüm transkriptom dizileme yaklaşımının farklı kanserlerde sistematik olarak bu çeşitliliği saptayabilmesi, assayin hem çok yönlülüğünü hem de kapsamlı analiz kapasitesini pekiştirmektedir.
Teknik olarak, assay ileri dizileme teknolojileriyle iyileştirilmiş biyoinformatik analizleri birleştirmektedir. Bu sayede gen füzyonlarının yanı sıra klinik öneme sahip MET ekzon 14 atlaması ve EGFR VIII mutasyonları da yüksek verimle tespit edilmektedir. Çoklu hedeflerin tek seferde saptanabilmesi, moleküler tanının tek bir bütünleşik iş akışında gerçekleştirilmesini sağlayarak laboratuvar süreçlerini sadeleştirmektedir.
Hedefe yönelik panellerin sınırlamalarını aşan bu WTS testi, önceden belirlenmiş füzyon eşleriyle kısıtlı kalmayıp nadir ve atipik füzyonları da saptayabilmektedir. Bu avantaj özellikle tümör heterojenitesinin yüksek olduğu veya yeni ortaya çıkan füzyonların tedavi stratejilerini etkileyebileceği durumlarda çok değerlidir. Açık uçlu tüm transkriptom dizileme, keşifsel ve tanısal kanser genomiği için yeni standartları belirlemektedir.
Çalışma, kalite kontrol metrikleri ve standart eşikler gibi unsurların önemini vurgulayarak, WTS teknolojisinin araştırmadan klinik uygulamaya geçişine temel oluşturmaktadır. RNA girişi, DV200 değeri ve minimum okuma sayısı gibi parametreler assayin güvenilirliğini sağlamada anahtar olup, laboratuvarlar arasında tutarlı sonuç üretimini garanti etmektedir. Bu teknik titizlik, assayin vaat ettiği yüksek duyarlılık ve özgüllüğün farklı klinik ortamlarda da tekrarlanabileceğini göstermektedir.
Yüksek duyarlılık, sadece tespit oranlarını artırmakla kalmaz, aynı zamanda az miktardaki füzyon transkriptlerini de saptayacak hassasiyeti sunar. Bu da erken tanı ve kalıntı hastalık izlemede büyük önem taşımaktadır; çünkü bu durumlarda füzyon RNA seviyeleri çok düşük olabilir ancak klinik olarak anlamlıdır. Böylece, test hastaların tedavi sürecinde kritik moleküler bilgi sağlamaktadır.
Geleceğe dönük olarak, bu tür WTS testlerinin rutin klinik uygulamalara entegrasyonu kanser bakımını dönüştürme potansiyeline sahiptir. Tek bir testle tüm füzyon transkriptomu yakalanabilmesi, moleküler tanıyı hızlandırmakta ve onkologlara tümörün daha eksiksiz bir moleküler profilini sunmaktadır. Bu yaklaşım, füzyon hedefli tedavilere uygun hastaların belirlenmesinde, yeni klinik denemelere yönlendirilmesinde ve özel izlem gerektiren durumlarda hayati bir destek sunar.
Ayrıca, testin tanı ve prognoza ilişkin farklı gen füzyonlarını da kapsamlı şekilde ortaya çıkarabilmesi, tümörlerin moleküler karakterizasyonunu zenginleştirir. Bu sayede risk sınıflamasının ve tedavi kişiselleştirmesinin geliştirilmesi mümkün hale gelir. Kanser tedavi yaklaşımlarının moleküler kararlar üzerine giderek daha fazla dayandığı günümüzde, Zhao ve arkadaşlarının geliştirdiği WTS testi, kişiye özel onkoloji uygulamalarında öncü rol oynayacaktır.
Özetle, Zhao ve ekibinin çalışması, klinik kanser örneklerinde gen füzyonları ve ilgili RNA değişikliklerini tespit etmek için duyarlı, özgül ve tekrarlanabilir bir tüm transkriptom dizileme testi sunarak kanser genomiğinde önemli bir ilerlemeyi temsil etmektedir. Tümör tipleri genelinde kapsamlı füzyon profillemesi yapılmasına imkan tanıyan bu test, moleküler tanıda yeni standartları belirlemekte ve tümör biyoloji kompleksliğini anlamada güçlü bir kaynak oluşturmaktadır.
Bu araştırmanın sonuçları sadece teknik bir gelişmeyi değil, aynı zamanda her hastanın tümör transkriptomunun tedavi planlamasında etkin olarak kullanıldığı kişiselleştirilmiş kanser bakımına yönelik büyük bir adımı da simgelemektedir. Testin devam eden validasyonu ve yaygınlaştırılması, füzyon biyolojisi alanındaki yeni keşifleri besleyecek ve yeni nesil dizileme teknolojileriyle erişilebilen hedeflenebilir değişikliklerin katalogunu genişletecektir.
Kişiye özel onkoloji alanı gelişirken, kapsamlı moleküler tanımlamalarla klinik uygulanabilirliği bir araya getiren araçlar, kanser tanı ve tedavisinin geleceğini şekillendirecektir. Zhao ve arkadaşlarının tüm transkriptom dizileme testi, gen füzyonlarının karmaşıklığını açığa çıkararak kanser hastaları için tedavi olanaklarını genişleten güçlü bir kaynak örneği olarak öne çıkmaktadır.
—
Araştırma Konusu: Development of a whole transcriptome sequencing assay for detection of gene fusions and related RNA alterations in clinical cancer samples.
Makale Başlığı: Development and application of a whole transcriptome sequencing assay for the detection of gene fusions in clinical cancer specimens.
Web References: https://doi.org/10.1186/s12885-025-14186-w
Doi Referans: https://doi.org/10.1186/s12885-025-14186-w
Resim Credits: Scienmag.com
Anahtar Kelimeler: klinik kullanım, tüm transkriptom dizileme, gen füzyonu tespiti, kanser tanısı, RNA değişiklikleri, MET ekzon 14 atlaması, EGFR VIII mutasyonu, onkoloji, duyarlılık ve özgüllük, moleküler tanı, kişiselleştirilmiş tedavi, kanser genomu.
