Kolorektal kanser (KRK), dünya genelinde en sık görülen maligniteler arasında yer almakta ve kanser kaynaklı ölümlerin başlıca sebeplerinden biri olmaya devam etmektedir. Hastalığın gelişiminde genetik mutasyonların yanı sıra epigenetik değişikliklerin de önemli olduğu uzun zamandır bilinmektedir. Son yıllarda yapılan araştırmalar, DNA metilasyonu gibi epigenetik mekanizmaların, kansere yatkınlığı artıran genlerin susturulmasında kritik rol oynadığına işaret etmektedir. Özellikle mikroRNA’ların (miRNA) genetik ekspresyonunun epigenetik yollarla düzenlenmesi, kanser patogenezi açısından önemli bir alan olarak dikkat çekmektedir.
Bilim insanları, son dönemde özellikle miR-139-5p isimli mikroRNA’nın kolorektal kanserde epigenetik olarak susturulduğuna ilişkin çarpıcı veriler ortaya koydu. Bu mikroRNA’nın tümör baskılayıcı bir işlevi olduğu uzun süredir varsayılıyordu ancak kolorektal kanser bağlamında somut deliller eksikti. Araştırmada, hem tümör dokuları hem de bunlara karşılık gelen sağlıklı doku örnekleri üzerinde miR-139-5p promotör bölgesinin metilasyon durumu MethyLight yöntemi ile titizlikle incelendi. MethyLight, DNA metilasyonunu yüksek hassasiyetle ölçen bir teknik olup; özellikle heterojen doku ve sıvı örneklerde düşük orandaki metilasyon moleküllerinin tespitinde altın standart kabul edilmektedir.
Bu çalışma kapsamında, 80 çift hasta dokusu ve eşlenik plazma örneği analiz edildi. qPCR tekniği ile miR-139-5p gen ekspresyon seviyeleri ölçülürken, bu mikroRNA’nın doğrudan hedefi olan RAP-1b protein konsantrasyonu ELISA yöntemi kullanılarak belirlendi. Böylece, epigenetik değişikliklerin hem gen seviyesinde hem de protein düzeyinde fonksiyonel sonuçları anlamlandırıldı. Sonuçlar, miR-139-5p promotor bölgesinin kolorektal tümör dokularında ve hastaların plazma örneklerinde anlamlı derecede hipermetile olduğunu ortaya koydu.
Çalışmanın en dikkat çekici bulgusu, kanser hastalarına ait plazma örneklerinde ortalama metilasyon yüzdesinin (PMR) 12,4 olması, kontrol grubundaki sağlıklı bireylerde ise sadece 0,66 civarında saptanması oldu. Bu fark, epigenetik markörün tanısal güç ve özgüllüğünü ortaya koymakta. Plazma bazlı miR-139-5p metilasyonunun, %75 duyarlılık ve %92,5 özgüllükle kolorektal kanser tespiti için kullanılabileceği tespit edildi. Ayrıca ROC eğrisi analizi sonucu elde edilen 0,958’lik AUC değeri, bu biyobelirtecin mükemmele yakın bir tanı performansı sunduğunun kanıtı oldu.
Metilasyon arttıkça miR-139-5p ekspresyonunun plazma ve tümör dokularında anlamlı ölçüde azaldığını gösteren istatistikler (p < 0,001) moleküler mekanizmanın patolojik önemini doğruladı. Buna bağlı olarak, miR-139-5p’nin etkilediği RAP-1b proteininin konsantrasyonunun yükselmesi, tümör hücrelerinde proliferasyon ve ilerlemeyi destekleyen biyolojik bir süreç olarak ortaya çıktı. Böylece, hipermetilasyonun sadece gen ekspresyonunu engellemekle kalmayıp, tümör gelişimini destekleyen moleküler yollara doğrudan etki ettiği gösterilmiş oldu.
Bu bilimsel gelişme, kolonoskopi gibi invaziv ve maliyetli mevcut tarama yöntemlerinin önemli dezavantajları göz önüne alındığında, erken kolorektal kanser tanısında önemli bir dönüm noktası olarak değerlendiriliyor. Plazma bazlı, yani sıvı biyopsi yöntemleri, özellikle hastadan alınan kan örneğinde tümör kaynaklı DNA metilasyon değişikliklerini tespit edebilme kabiliyeti ile konvansiyonel yöntemlerin önüne geçme potansiyeline sahiptir. Böylelikle, hasta uyumu artarken, tanı süreci hızlanacak ve maliyetler önemli ölçüde azalacaktır.
Araştırmacılar, elde edilen bu verilerin klinik uygulamaya entegrasyonu için daha geniş, farklı etnik ve coğrafi grupları kapsayan prospektif çalışmalara ihtiyaç duyulduğunun altını çiziyor. Özellikle miR-139-5p metilasyonunun tedavi sürecindeki değişimleri takip etmede ve hastalığın nüks ve remisyon durumlarını belirlemede kullanılabilirliği henüz tam anlamıyla araştırılmamıştır. Çalışmanın geliştirilmesi, kanser yönetiminde hem tanı hem de izlem açısından devrim yaratabilir.
Bunun yanı sıra, mikroRNA’ların kanser patogenezindeki merkezi rolleri herkesçe kabul görmüş bir kavramsal çerçeveyi oluşturuyor. Epigenetik baskılanma yoluyla gerçekleşen mikroRNA susturulması mekanizması, sadece kolorektal kanser değil; başta diğer sindirim sistemi kanserleri olmak üzere birçok tümör tipinde de geçerli olabilir. Böylece, miR-139-5p örneğinde elde edilen başarı, diğer tümör baskılayıcı mikroRNA’ların da benzer metilasyon analizleriyle hedeflenebileceğini göstermekte.
Teknolojik açıdan bakıldığında, MethyLight’ın yüksek hassasiyeti ve spesifitesiyle DNA metilasyonunun kantitatif belirlenmesi, qPCR ve ELISA gibi destekleyici moleküler tekniklerle birleştiğinde çok boyutlu ve güçlü analiz imkânı sunuyor. Bu yöntemler, kanser biyolojisini DNA, RNA ve protein seviyelerinde eş zamanlı olarak takip etmeye olanak sağlamakta, sonuçların klinik değerlendirilmesini kolaylaştırmaktadır.
Epigenetik biyobelirteçlerin mevcut tanı metotlarıyla birlikte kullanılması, yanlış pozitif ve negatif sonuçların azalmasını sağlayarak tarama testlerinin etkinliğini artırabilir. İlginç şekilde, metilasyonun geri döndürülebilir olması, demetilasyon ajanlarıyla tedavi stratejilerinin geliştirilmesine kapı aralamaktadır. Böylece, moleküler hedeflendirmeye dayalı tedavilerle kişiye özgü kanser yönetimi mümkün hale gelebilir.
Bu bulgular, kolorektal kanser araştırmalarını aşarak, epigenetik mikroRNA gen susturulmasının kanser biyolojisinde genel bir model olabileceğine işaret ediyor. Kişiselleştirilmiş tıp uygulamalarında, bu ve benzeri biyobelirteçlerin kullanımı hastaların tedavi kararlarını optimize ederken, sağkalımı ve yaşam kalitesini ciddi şekilde artırabilir. Epigenetik araştırmaların klinik onkolojiye entegrasyonu için kritik bir basamak gerçekleşmiş durumda.
Sonuç olarak, yaklaşan dönemde, kolorektal kanserin erken tanısında miR-139-5p’nin promotor metilasyonunun plazma örneklerinde tespit edilmesi, yüksek tanısal doğruluk sunan, invazif olmayan ve uygun maliyetli bir yöntem olarak öne çıkıyor. Bu gelişme, erken evre teşhisin yaygınlaşması yoluyla mortalitenin azaltılmasında önemli rol oynayacak ve kanser teşhisinde epigenetik çağı başlatacaktır. Bilim dünyası, bu moleküler keşfin klinik uygulamada kalıcılığa dönüşmesi için yapılacak ilerleyen çalışmaların sonuçlarını dört gözle beklemektedir.
—
Araştırma Konusu:
Epigenetik silinmenin kolorektal kanser patogenezindeki rolü ve miR-139-5p geninin plazma örneklerinde tanısal biyobelirteç olarak değerlendirilmesi.
Makale Başlığı:
Evaluation of epigenetic silencing of the miR-139-5p gene in the pathogenesis of colorectal cancer and its diagnostic biomarker capability in plasma samples
Web References:
https://doi.org/10.1186/s12885-025-14290-x
Doi Referans:
10.1186/s12885-025-14290-x
Resim Credits:
Scienmag.com
Anahtar Kelimeler:
kolorektal kanser, miR-139-5p, DNA metilasyonu, epigenetik silinme, mikroRNA, biyobelirteç, plazma bazlı tanı, erken kanser teşhisi, MethyLight, qPCR, ELISA, epigenetik kanser biomarkeri
